За час своєї діяльності у зв’язку з переміщенням Інституту, фонди бібліотеки пережили декілька переїздів (бульвар Шевченка – вул. Кірова (Грушевського) – Видубицький монастир – просп. Героїв Сталінграда).
Вже від початку існування бібліотеки тематичне спрямування її фондів було достатньо широким. Вони містили археологічну, антропологічну, етнографічну, історичну, мистецтвознавчу, природничу літературу. Також від початку була представлена література з філософії, релігії, культури, філології, довідкові видання. За час діяльності бібліотеки всі підрозділи фонду поповнювалися та внутрішньо структурувалися. На сьогодні загальна кількість фонду становить близько 150 тисяч примірників.
До послуг читачів є довідково-бібліографічний апарат бібліотеки: алфавітний та систематичний каталоги, біля 20 картотек, серед яких картотека статей з археології та давньої історії, картотека праць співробітників Інституту та видань Інституту археології, картотека рецензій, картотеки вітчизняної та іноземної періодики, колекцій, україністики, античних авторів, картотека «Праць Археологічних з’їздів», картотека статей деяких дореволюційних часописів тощо. До послуг читачів є електронний каталог, що відображає масив літератури, отриманої бібліотекою з 1997 року.